柯南图书室是在第50集。少年侦探团去米花图书室去看书，恰好碰到了来调查下落不明的馆员玉田的目暮警部。由于在图书馆没寻找到玉田,因此少年侦探团晚上悄悄潜进图书室找寻玉田。当大家无意间看到图书室的阴谋时，准备去揭发他的罪刑，可是这个时候大家被馆长看到，因此遭到了追杀。
柯南和小伙伴们去图书室来做读书汇报的时候，警察突然来到了这里，查找员工玉田下落不明的事情，馆长津川表明自个也不清楚，警察进行了简易的找寻后离去。但是少年侦探团一直留到了晚上做深入调查，期内馆长曾偷偷摸摸的来过一回，等他离去后，大伙儿看到馆长在这个利用图书室进行贩卖毒品的勾当。
当大家找到了让馆长杀死的玉田的尸首的时候，没想到馆长也看到了大家，少年侦探团能否顺利脱险。柯南在图书馆看到了反向外包装在这个小盒子里的怪异外语书本，知道这儿图书室的工作人员下落不明了。警察没寻找到线索就回去了，柯南和少年侦探团的3人一起调查了闭馆的图书室内部。随后在这个儿童图书的书架子看到了藏在没封面的书里的毒品。
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